目前税单支付支持新一代电子支付和柜台支付两种模式。税单信息推送至新一代电子支付系统，通过“单一窗口”或“互联网+海关”平台支付的均为新一代电子支付。企业对一票税单只能选择一种支付方式，避免重复缴税。新一代电子支付为在线支付，同一份报关单下的税单需统一支付方式。柜台支付优先级高于在线支付，已进行在线支付的税单可转柜台支付，已进行柜台支付的税单则不再允许在线支付。
目前税单支付只支持新一代电子支付和柜台支付两种模式，税单电子信息会推送至新一代电子支付系统。通过“单一窗口”或“互联网+海关”平台支付的均为新一代电子支付。对于一票税单，企业只能选择新一代电子支付系统、柜台支付这两种方式之一（可避免重复缴税）。
新一代电子支付系统均为在线支付方式。同一份报关单项下的税单，只能选择一种在线支付方式，即一份报关单下有一票税单使用新一代电子支付方式支付的，则其余税单也必须使用新一代电子支付。但是，柜台支付的优先级高于在线支付，一份报关单项下有税单已进行在线支付的，剩余税单仍可转柜台支付；一份报关单项下税单已进行柜台支付的，则剩余税单不再允许进行在线支付。
